Pod koniec wieków średnich nastąpił wyraźny upadek autorytetu i znaczenia Kościoła katolickiego. Szczególnie wyraźne było to tam, gdzie Kościół był wyjątkowo uprzywilejowany i majętny. Duchowni gromadzili ogromne majątki, pobierali dziesięciny, czyli podatki na rzecz Stolicy Piotrowej. Majętność i wzbogacanie się a także liczne nadużycia ze strony duchowieństwa w wielu krajach budziło coraz większy niepokój oraz niezadowolenie władców i szlachty. W związku z tym reformacja Kościoła wydawała się być nieunikniona.
W 1517 roku w Niemczech pojawił się nowy reformator Marcin Luter. Był on człowiekiem wykształconym – zakonnik Augustyn. Uderzyło go szczególnie sprzedawanie odpustów. Ludzie się bulwersowali, gdyż ściągano z nich pieniądze. Luter uważał, że wykładnią religii jest Biblia. Występował przeciwko bogaceniu się papiestwa i duchowieństwa; przeciwko sprzedawaniu odpustów. Luter uważał, że Kościół powinien być skromny, prosty bez rzeźb, malowideł i innych ozdób, które rozpraszałyby wiernych, i które mogłoby świadczyć o zepsuciu i próżności przewodników duchowych.
Stwierdzenia te podobały się szlachcie niemieckiej, gdyż kościół taki byłby bardzo tani i nie musieliby wykładać pieniędzy na niego. Luter uważał, że liturgia powinna być wykładana w języku narodowym. Twierdził również, że z majątków kościelnych należało zrezygnować. Z kolei niemieccy feudałowie odzyskaliby swe majątki. Liczne wojny religijne w Niemczech kończył pokój podpisany w Augsburgu w 1555 roku. Na jego mocy wprowadzono równouprawnienie kościołów: katolickiego i protestanckiego w myśl zasady: kogo władza, tego religia, co oznaczało, że wolność religijna dotyczyła tylko panującego, a nie poddanych.
Reformacja w Niemczech miała ogromne znaczenie dla innych krajów Europy. Kościół kalwiński rozwijał się głównie w Szwajcarii, był to bardzo surowy Kościół. Jego twórca, reformator Jan Kalwin założył w Genewie ewangelicką gminę kościelną, a swoje poglądy zawarł w dziele „Urządzenie religii chrześcijańskiej”. Źródłem wiedzy była oczywiście Biblia, jednak narzucał wiernym własną interpretację tegoż dzieła Bożego. Głównym punktem nauki kalwina była teoria o przeznaczeniu; to Bóg zsyłał na ludzi wszelki dobrobyt i łaski oraz, że wszelka władza pochodzi od Boga, który błogosławił ludziom ich ciężki trud i pracę. Był to jednak bardzo surowy i nietolerancyjny Kościół, który krwawo tłumił wszelkie objawy buntu i nieposłuszeństwa wobec władz. Ludzi palono na stosie. Kościół preferował skromne i bardzo pobożne życie. Zakazywał hulanek i próżniaczego trybu życia. Nie tolerował również odłamów religijnych. Kalwinizm dość prężnie i szybko rozprzestrzenił się w Europie i zyskiwał coraz większą liczbę zwolenników szczególnie wśród ludzi zamożnych, którzy odnajdowali w tej religii usprawiedliwienie dla swojego bogactwa, które otrzymywali niejako z łaski Bożej.
Również we Francji kalwinizm miał dużą liczbę zwolenników. Nazywano ich hugenotami, na czele których stał ród Burbonów. Wyznanie to przyjmowali zarówno mieszczanie jak i szlachta, która widziała w nim narzędzie do walki z monarchią. Ich celem było bowiem wprowadzenie we Francji ustroju opartego na demokratycznej organizacji Kościoła kalwińskiego. Doprowadziło to jednak do podziału możnych rodów, z których część opowiedziała się za hugenotami, a druga część wystąpiła przeciwko. W najtrudniejszym położeniu znajdował się dwór królewski, który w zależności od sytuacji zajmował stanowisko zmienne. Sytuacja ta była wynikiem wielu długotrwałych wojen religijnych we Francji. W czasie tych walk miała miejsce straszliwa rzeź hugenotów, do której doszło w Paryżu, w noc Świętego Bartłomieja, w sierpniu 1572 roku. Kompromis nastąpił, gdy na tronie zasiadł przywódca hugenotów Henryk IV Burbon. Władca przeszedł na katolicyzm, a dla hugenotów zagwarantował wolność wyznania w roku 1598. Wydarzenie to kończyło okres walk na tle religijnym we Francji.
Również Anglia w połowie XVI wieku oderwała się od kościoła rzymsko – katolickiego. I chociaż ówczesny król Anglii, Henryk VIII początkowo potępiał reformację, to za sprawą papieża, który odmówił królowi zgody na unieważnienie małżeństwa z Katarzyną Aragońską, król postanowił poprzeć zwolenników reformy w Anglii i zerwał z Rzymem. Król Henryk VIII ogłosił się głową, zwierzchnikiem Kościoła w Anglii. Miało to miejsce w 1531 roku. Natomiast w 1534 roku król nakłonił parlament do wydania i ogłoszenia Aktu supremacji, który ustanawiał władcę głową nowego Kościoła, nazwanego anglikańskim. Na rozkaz króla rozwiązano i zlikwidowano zakony i skonfiskowano ich majątki na rzecz królewskiego skarbca. Nowy Kościół anglikański popierał hasła ubogiego kościoła, zachował również niektóre obrzędy, doktryny i święta katolickie. Liturgia prowadzona była jednak w języku angielskim. Wszelkie objawy buntu i przeciwników nieuznających króla jako głowy kościoła były krwawo tłumione. Po śmierci Henryka XVIII sytuacja religijna w kraju nie była stabilna ani też ostateczna. Gdy na tronie zasiadł jego syn Edward VI, zwrócił się on w kierunku kalwinizmu. Po jego śmierci, wstępująca na tron Maria Tudor podjęła wszelkie możliwe próby przywrócenia wiary katolickiej. Stosowała ona bardzo brutalne metody, przez co zyskała wśród ludu przydomek „Krwawa”. Ostatecznie w Anglii zwyciężył jednak kościół anglikański, za sprawą kolejnej królowej, Elżbiety I, córki Henryka VIII i Anny Boleyn.
